ПланыОбменаМенеджер.ЗарегистрироватьИзменения(Узел, Метаданные.Справочники.Номенклатура);

или

Узел = ПланыОбмена.ОбменНоменклатурой_Тест.НайтиПоКоду("НазваниеПланаОбмена");
ПланыОбмена.ЗарегистрироватьИзменения(Узел, Источник);

Для регистрации конкретных данных различных типов необходимо вызвать метод ЗарегистрироватьИзменения() менеджера планов обмена, передав ему в качестве параметра Данные либо сами данные, либо ссылку на них. Например

узел	=	ПланыОбмена.ОбменУправлениеТорговлей31Бухгалтерия20.НайтиПоНаименованию("Бухгалтерия для Украины, редакция 2.0");
ОбменДаннымиСобытия.ЗарегистрироватьИзмененияДанных(узел, Источник.ссылка, истина);